MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Halobacillus halophilus DSM 2266 plasmid PL16

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017669	GAG	2	6	43	48	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017669	GTA	2	6	76	81	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017669	TTAT	2	8	189	196	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017669	GCG	2	6	197	202	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017669	GAAA	2	8	226	233	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017669	AGC	2	6	241	246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017669	CGT	2	6	256	261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017669	T	6	6	274	279	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017669	TAT	2	6	323	328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017669	AGG	2	6	355	360	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017669	T	8	8	954	961	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017669	TAAA	2	8	1031	1038	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017669	A	6	6	1036	1041	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017669	A	6	6	1144	1149	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017669	TAAA	2	8	1206	1213	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017669	GGA	2	6	1266	1271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017669	TTA	2	6	1325	1330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017669	TTC	2	6	1382	1387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017669	CT	3	6	1422	1427	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_017669	GAGG	2	8	1443	1450	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017669	TCC	2	6	1466	1471	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_017669	ATTA	2	8	1476	1483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017669	TAA	2	6	1620	1625	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017669	GGTC	2	8	1713	1720	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017669	TTTTA	2	10	1894	1903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017669	AAC	2	6	1966	1971	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017669	CGG	2	6	1987	1992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017669	GA	3	6	2061	2066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017669	GGATT	2	10	2119	2128	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017669	GAG	3	9	2206	2214	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017669	ATC	2	6	2236	2241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017669	GCA	2	6	2257	2262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017669	AGG	2	6	2272	2277	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017669	GGTA	2	8	2286	2293	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017669	GGA	2	6	2363	2368	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017669	GAA	2	6	2386	2391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017669	AGACGT	2	12	2438	2449	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017669	GGCAA	2	10	2502	2511	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017669	AAAG	2	8	2521	2528	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017669	AGA	2	6	2552	2557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017669	GAG	2	6	2654	2659	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017669	GAG	2	6	2663	2668	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017669	CGA	2	6	2716	2721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017669	TTA	2	6	2734	2739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017669	TCA	2	6	2762	2767	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017669	GCA	2	6	2843	2848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017669	CAA	2	6	2871	2876	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017669	GCA	2	6	2974	2979	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017669	TCG	2	6	3027	3032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017669	ACTA	2	8	3059	3066	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017669	ACTA	2	8	3079	3086	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017669	GA	3	6	3102	3107	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017669	ACG	2	6	3971	3976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017669	CA	3	6	4014	4019	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017669	GAC	2	6	4105	4110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017669	ACG	2	6	4112	4117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017669	AAC	2	6	4118	4123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017669	CCG	2	6	4141	4146	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_017669	GAAAC	2	10	4225	4234	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017669	CT	3	6	4300	4305	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017669	T	8	8	4305	4312	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017669	GAC	2	6	4316	4321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017669	ACA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017669	CAAA	2	8	4349	4356	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017669	ACG	2	6	4358	4363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017669	CGT	2	6	4387	4392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017669	ATT	2	6	4400	4405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017669	TTA	2	6	4521	4526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017669	TTA	2	6	4536	4541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017669	GCA	2	6	4545	4550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017669	CT	3	6	4594	4599	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_017669	CCT	2	6	4644	4649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017669	TAAA	2	8	4657	4664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017669	TAA	2	6	4705	4710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017669	AAAT	2	8	4731	4738	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017669	T	7	7	4778	4784	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017669	AT	3	6	4786	4791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017669	TCG	2	6	4830	4835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017669	GA	4	8	4844	4851	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017669	TGAA	2	8	4945	4952	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017669	TA	4	8	4992	4999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017669	ATAG	2	8	5049	5056	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017669	ACG	2	6	5068	5073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017669	AAAT	2	8	5132	5139	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017669	A	7	7	5152	5158	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017669	A	6	6	5220	5225	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017669	GAT	2	6	5994	5999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017669	GA	3	6	6002	6007	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017669	AC	3	6	6017	6022	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017669	GGC	2	6	6028	6033	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017669	T	7	7	6046	6052	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017669	AT	3	6	6054	6059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017669	A	6	6	7285	7290	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017669	T	6	6	7303	7308	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017669	GGA	2	6	7333	7338	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017669	TACA	2	8	7425	7432	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017669	T	6	6	7468	7473	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017669	TATAT	2	10	7506	7515	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017669	AGGA	2	8	7547	7554	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017669	GAA	2	6	7556	7561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017669	TAT	2	6	7575	7580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017669	TAG	2	6	7637	7642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017669	ATC	2	6	7689	7694	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017669	AT	3	6	7815	7820	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017669	GA	3	6	7965	7970	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017669	ATC	2	6	7981	7986	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017669	GAG	2	6	8065	8070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017669	GGAAAA	2	12	8121	8132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017669	GAC	2	6	8154	8159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017669	CGG	2	6	8177	8182	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017669	T	7	7	8205	8211	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017669	A	7	7	8232	8238	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017669	AAT	2	6	8244	8249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017669	ACG	2	6	8284	8289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017669	TAAA	2	8	8298	8305	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017669	ACGTT	2	10	8337	8346	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017669	TAA	2	6	8359	8364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017669	CAA	2	6	8382	8387	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017669	CTA	2	6	8451	8456	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017669	ACT	2	6	8457	8462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017669	GATT	2	8	8480	8487	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017669	CAG	2	6	8771	8776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017669	GA	3	6	8792	8797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017669	ATAC	2	8	8812	8819	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017669	A	6	6	8831	8836	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017669	AGG	2	6	8844	8849	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017669	TCGC	2	8	8895	8902	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017669	A	6	6	8915	8920	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017669	TAA	2	6	9063	9068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017669	TAAA	2	8	9097	9104	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017669	CT	3	6	9144	9149	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017669	AGC	2	6	9171	9176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017669	ACGG	2	8	9192	9199	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_017669	ACT	2	6	9225	9230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017669	AAG	2	6	9247	9252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017669	TAA	2	6	9341	9346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017669	TACAAT	2	12	9381	9392	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017669	TAG	2	6	9533	9538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017669	TTCA	2	8	9563	9570	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017669	GAT	2	6	9571	9576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017669	AAC	2	6	9641	9646	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017669	TTA	2	6	9675	9680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017669	TG	3	6	9689	9694	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017669	TAC	2	6	9707	9712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017669	GAT	2	6	9720	9725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017669	GTAG	2	8	9777	9784	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017669	A	6	6	9820	9825	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017669	T	6	6	9845	9850	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017669	CA	3	6	9875	9880	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_017669	CGAA	2	8	9881	9888	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_017669	AGA	2	6	10045	10050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017669	A	7	7	10082	10088	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017669	GA	3	6	10163	10168	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017669	A	7	7	10185	10191	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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220	NC_017669	AAG	2	6	16015	16020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.